1898年(明治31年)、セブンスデー・アドベンチスト教団の宣教師W.C.グレンジャー博士が東京芝に英和聖書学校を開設しました。1926年(大正15年)には千葉県房総半島の美しい松林の丘に聖書の教えを基礎とした日本三育学院が建てられ、1947年(昭和22年)学校法人日本三育学院の下に日本各地に三育幼稚園・小学校が建てられました。鹿児島三育小学校は、1953年(昭和28年)3月に日本三育学院鹿児島教会小学校として、鹿児島市平之町に開校し、1965年(昭和40年)に鹿児島三育小学校に名称を変更し現在にいたっています。