炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎とクローン病）は原因が不明で根治的な治療方法が完全には確立していないので、患者はどうしても炎症性腸疾患治療との長いつきあいが必要となり、経済的にも相当負担を強いられるので、多くの患者は国の社会保障制度の一つである特定疾患医療給付による医療補助を受けたほうがいいようです。
　
　※患者の自己負担分は平成１５年１０月１日より別表１のとおりとなります。　
　※軽快者の場合は医療補助の対象外になり、一般の疾病と同等の扱いになります。
　※重症申請を行い認められますと、医療費の自己負担はありません。
　　（確認書類は不要です。）
　※低所得者（市長村民税非課税）は、自己負担はありません。
　※実施主体が、都道府県ですので各都道府県で提出書類の多少の相違があります。
　※訪問看護、院外処方による薬剤費については、全額公費負担です。
　　　（登録者証・受給者証をもらった方）

• 診断書・臨床調査個人票（医師が作成したもの）
• 申請書
• 住民票謄本
• 印鑑
• 保険証
• 生計中心者の所得税に関する状況を確認することができる書類※別表２

※更新時の書類

• 特定疾患医療受給期間更新申請書
• 特定疾患治療意見書（医師が作成したもの）
• 医師の意見書（医師が作成したもの：主治医と相談のうえ、主治医が治療意見書のほかに追加所見が必要とした場合のみ提出）
• 臨床調査個人票
• 特定疾患治療意見書の研究理由についての同意書
• 特定疾患医療受給者証
• 世帯全員を確認するための書類（住民票謄本、国民健康保険証の写し、社会保険証の写しのいずれか）
• 生計中心者の所得税に関する状況を確認することができる書類 ※別表２

1. 該当疾患と認められない場合（不認定）
2. 軽快者の場合（登録者証）
3. 所得に応じた負担の場合
   （各都道府県により色が異なるようです。白や薄青等）
4. 全額公費負担の場合
   （各都道府県により色が異なるようです。ピンクや薄黄等）
   

※治療の結果症状が改善し、経過観察等一定の通院管理下で著しい制限を受けることなく就労などを含む日常生活を営むと判断される対象患者に該当した場合は医療補助の対象外になり（＝軽快者※別表３）、一般の疾病と同等の扱いになります。（ただし、急に入院とかになったりした場合は各都道府県に連絡をしてください。軽快者からはずれて公費負担の対象となります。）