青い宝石
アトランティスでは水晶の力を利用していたという話は、無いことはありませんが、
『海底二万マイル』では全くない設定で（水晶とか末裔とか。）
「アトランティスの末裔の王女様が持っている青い石の力でアトランティスの石の本体を発動して軍事力に利用しよう！」という設定は、
『ふしぎの海のナディア』と『アトランティス〜失われた帝国〜』では全く同じです。
アトランティス
『ふしぎの海のナディア』も『アトランティス〜失われた帝国〜』も「アトランティス大陸」とその末裔と
潜水艦のクルーを巻き込んだ冒険物という点で一致しています。そもそも『海底二万マイル』では、
「アトランティス大陸」は物語の核心に触れる物ではなく、飾りの一つにもすぎません。
キャラクター
・ナディア−キーダ
この二人は、二人ともアトランティス大陸の王家の末裔です。しかも容姿も非常に酷似しています。
（キャラクターの類似性指摘参照のこと。）
・ジャン−マイロ
二人ともインテリで活発的、物語の位置づけも同等、容姿も酷似しています。
「父親」に関する設定も似たところがあります。
考察
以上の情報をもとに考察していきます。
まず、最も疑問のあるところは、何故「アトランティス」が舞台になっているのかということです。そんなのは、作った人の気持ちの問題だと言われれば仕方のないことなのですが、原作は一応「海底二万マイル」ということになっています。海底二万マイルにはアトランティスは出るには出る物の、長い冒険探査の中でちょっと出てきている既に滅んだ遺跡なのです。もちろん、エドガー・ケイシー以前の小説ですので、「水晶」は出てきませんし、ナディア以前ですので、アトランティス人も出てきません。しかし、「アトランティス」には、ナディアと同様にアトランティスの末裔がヒロインとして活躍して、丸めがねの男と共に冒険する…。もちろんお話を作っていくうちに必然的に似てしまうこともありますが、なぜ原作に出ない設定がここまで似てしまったのでしょう。
次に疑問なのが、「青い宝石」の存在です。確かに、エドガー・ケイシーが、アトランティス人は水晶を使っていたという予言を行いました。アカシック・レコードというものを読み解くことによって、このような予言を行ったわけですが、ここで予言されたのは水晶です。水晶の中には薄紫色や緑色をしたものはよくありますが、青い水晶というのはあまり聞いたことがありません。キーダが胸から下げている物は、明らかに「青い宝石」です。ちなみに、今までのアニメーションで青い宝石を胸に下げていた人を列挙致しますと、ふしぎの海のナディアの「ナディア」、天空の城ラピュタの「シータ」がいますが、ご存じの通り、これらの作品は、もともと宮崎監督が残した「青い宝石を持った女の子と男の子が冒険をする」という原案をもとにした物なので、青い宝石を持っているのは必然です。他にはあまり、青い宝石を持って旅をするという話は（特に青い宝石が物語のキーワードになっているお話は）聞いたことがないのですが。（そういうお話をご存じの方は教えてください。）
さらに、登場人物が似ていることも疑問です。同じ設定をもとにして作った「天空の城ラピュタ」と「ふしぎの海のナディア」でさえ、登場人物の容姿にはあれだけの違いが出たにもかかわらず（シータは黒髪の三つ編みに赤いカチューシャ、黒っぽいローブ→オレンジのぶかぶかズボン＆黄色いシャツ・パズーはくすんだ青いズボンに白いシャツから橙色の上着を着用。薄茶色の帽子にゴーグル、黒いぼさぼさの髪をしています）、全く関係のないはずの映画でこれだけ容姿が酷似することは非常に不思議なことです。